Helt fra 1870-tallet har kandidater fra MHS drevet viktig religions- og kulturhistorisk dokumentasjon og forskning i de afrikanske og etter hvert asiatiske sammenhenger de hadde sin misjonærtjeneste. Fra 1930-tallet har lærere ved MHS vært engasjert i forskning opp mot norske doktorgrader, men det var først i forbindelse med den faglige oppgraderingen av MHS fra midten av 1970-tallet man kan tale om en mer systematisk forskerutdanning. Fra 2002 er forskerutdanningen organisert i MHS’ eget doktorgradsprogram, med de første disputaser i 2006. I dag har MHS 15-20 forskere ansatt i stillinger som professor eller førsteamanuensis og om lag like mange doktorgradsstudenter.

MHS’ forskningsprofil reflekterer høgskolens fokus på kirken og dens globale misjonsoppdrag, samt på mer generelle nord/sør-spørsmål. Når det gjelder forskerrekruttering har MHS et særlig fokus på å utdanne kvinnelige forskere, både til egen institusjon og til nettverksinstitusjoner i Afrika/Asia. I tillegg til individuelle forskningsprosjekter har MHS lederansvar for flere internasjonale og flerinstitusjonelle forskningsprosjekter.