Helt fra 1870-tallet har kandidater fra MHS drevet viktig religions- og kulturhistorisk dokumentasjon og forskning i de afrikanske og etter hvert asiatiske sammenhenger de hadde sin misjonærtjeneste. Fra 1930-tallet har lærere ved MHS vært engasjert i forskning opp mot norske doktorgrader, men det var først i forbindelse med den faglige oppgraderingen av MHS fra midten av 1970-tallet man kan tale om en mer systematisk forskerutdanning.

Fra 2002 er forskerutdanningen organisert i et doktorgradsprogram med mange studieretninger. I dag har MHS 15-20 forskere ansatt i stillinger som professor, dosent eller førsteamanuensis, og 24 doktorgradsstudenter.

MHS’ forskningsprofil reflekterer høgskolens fokus på kirkens globale misjonsoppdrag og religions- og kulturmøter. Når det gjelder forskerrekruttering har MHS et særlig fokus på å utdanne kvinnelige forskere, både til egen institusjon og til nettverksinstitusjoner i Afrika/Asia. I tillegg til individuelle forskningsprosjekter har MHS lederansvar for flere internasjonale og flerinstitusjonelle forskningsprosjekter.

I tillegg til at MHS kan lyse ut forskningsstipend, kan også interesserte som har egen finansiering søke om å bli tatt opp i PhD programmet. Søknadsfrister for slike søknader er 1. april og 1. oktober hvert år. Søkeren må da legge fram en prosjektbeskrivelse og finaniseringsplan som MHS evaluerer som avgjørende for opptak i programmet.