Misjonsmuseet er Stavangers eldste museum. Det ble etablert i 1864 samtidig som Misjonshøgskolen fikk nytt bygg. Museet har rundt 5 000 gjenstander i sine samlinger, 1 300 av disse er utstilt. Samlingene inneholder gjenstander av etnografisk og misjonshistorisk interesse fra de land hvor Det Norske Misjonsselskap har hatt en misjonsvirksomhet: Sør-Afrika, Madagaskar, Kamerun, Mali, Etiopia, Kina, Hong-Kong, Taiwan, Japan, Thailand og Brasil.

Misjonsmuseet er lokalisert i underetasjen av fakultetsbygget på MHS og er åpent for besøk etter avtale. Misjonsarkivet overtok i 2011 driftsansvaret for museet, og spørsmål om omvisning m.v. rettes til arkivleder Gustav Steensland.